La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique intestinale (MICI) touchant les adultes jeunes sans possibilité de guérison. La vidéo-capsule endoscopique est le seul outil permettant l’exploration des 3 à 4 m d’intestin grêle de manière non invasive grâce à un système d’acquisition d’images embarqué dans une capsule ingérable. Il s’agit de l’examen le plus performant pour visualiser l’intestin grêle comparativement à toutes autres techniques radiologiques. La vidéo-capsule génère environ 50 000 images successives transmises par un système de radiofréquence à un boîtier d’enregistrement externe dont l’analyse par les gastroentérologues est consommatrice de temps et nécessite une expertise ce qui limite sa diffusion à grande échelle. Pour faciliter la lecture des vidéo-capsules, le développement d’outils de reconnaissance automatique des lésions sur les images générées par la capsule est hautement souhaitable.
La base CROHN-IPI : 3498 images
Les 3498 images proviennent de XX vidéo capsules de patients diagnostiqués. 60% des images ont été étiquettées comme non pathologiques et 40% contiennent une des 7 lésions étudiées. Les images ont été sélectionnées puis étiquettées indépendament par 3 experts gastroentérologues.
Données d’attention visuelle
Ce jeu de données contient l’attention visuelle d’experts et de novices sur 250 images VCE. Il a été utilisé dans [2] pour comparer les attentions visuelles de l’homme et de la machine.
Licence et accès aux données
La base de données CROHN-IPI est partagées avec la communauté scientifique pour un usage de recherche seulement. La licence utilisée est CC BY-NC-ND.
Pour demander la base, envoyez un message à harold.mouchere (@) univ-nantes.fr en indiquant votre affiliation et à titre indicatif l’objet de votre projet de recherche.
Tous les travaux utilisants ces données doivent referencer les publications liées à la base ([1], [2] ou [3]).
Articles
- Astrid de Maissin, Rémi Vallée, Mathurin Flamant, Marie Fondain-Bossiere, Catherine Le Berre, Antoine Coutrot, Nicolas Normand, Harold Mouchère, Sandrine Coudol, Caroline Trang, Arnaud Bourreille, Added value of a multi-expert annotation of Crohn’s disease images of the small bowel for automatic detection of lesions using a convolutional recurrent attention neural network, Endosc Int Open 2021; 09(07): E1136-E1144 <10.1055/a-1468-3964>. <hal-03268826>
- Rémi Vallée, Antoine Coutrot, Nicolas Normand, Harold Mouchère. Influence of expertise on human and machine visual attention in a medical image classification task, European Conference on Visual Perception, Aug 2021, online, France <hal-03379161>
- Rémi Vallée, Astrid de Maissin, Antoine Coutrot, Harold Mouchère, Arnaud Bourreille, Nicolas Normand, CrohnIPI: An endoscopic image database for the evaluation of automatic Crohn’s disease lesions recognition algorithms. SPIE Medical Imaging, Feb 2020, Houston, France. pp.61, ⟨10.1117/12.2543584⟩. ⟨hal-02518263⟩
- Rémi Vallée, Antoine Coutrot, Nicolas Normand, Harold Mouchère. Accurate small bowel lesions detection in wireless capsule endoscopy images using deep recurrent attention neural network. IEEE 21st International Workshop on Multimedia Signal Processing (MMSP 2019), Sep 2019, Kuala Lumpur, Malaysia. ⟨hal-02296282⟩
Soutien et financement
Le projet CROHN-IPI est financé par l’Université de Nantes via le programme des projets interdiscplinaires. Le projet bénéficie aussi d’une bourse de recherche de l’association François Aupetit.